1993년 12월 31일 법률 제4667호 교통세법으로 제정·공포 된 이후 과세 목적을 도로·도시철도 등 교통시설의 확충 및 대중교통 육성을 위한 사업뿐만 아니라 에너지 및 자원 관련 사업, 환경의 보전과 개선을 위한 사업에 필요한 재원확보에까지 확장한 교통·에너지·환경세법으로 법명을 바꾸어 2006년 12월 30일 법률 제8138호로 개정되었다. 

 교통·에너지·환경세의 과세대상은 휘발유, 경유 및 이들과 유사한 대체유류이며 리터당 일정액을 부과하도록 하고, 과세물품을 제조하여 반출하는 자, 과세물품을 관세법에 의한 보세구역으로부터 반출하는 자, 관세를 징수하는 물품에 대하여는 그 관세를 납부할 의무가 있는 자가 동법 제6조의 과세표준에 따라 과세물품을 제조장으로부터 반출하거나 수입신고를 하는 때에 납부하여야 한다.

 이렇게 수납된 교통·에너지·환경세의 80%가 교통시설특별회계로 전입되며, 환경개선특별회계에 15%, 에너지및자원사업특별회계에 3%, 광역지역발전특별회계에 2% 전입된다.

 과세시한은 2003년까지 10년간(1994~2003)으로 한시적이었으나, 2006년까지 3년 연장(2004~2006)하고, 2009년까지 3년을 더 연장(2007~2009)했다. 그러나 목적세로 운영되어 재정 운영의 경직성을 초래하고 유류에 대한 과세체계를 복잡하게 하는 등의 문제점이 있어, 2012년 12월말에 교통·에너지·환경세를 폐지하고 개별소비세에 통합할 예정이었으나 그 폐지시한을 2015년 12월 말까지 3년 더 연장하는 안이 국회 통과를 남겨놓고 있다.