국토계획연구본부는 국토계획 및 정책연구, 한반도와 동북아지역연구, 미래국토연구 등 국토발전과 관련한 장단기 정책을 연구하고 있다. 첫째, 국토의 균형 있고 지속가능한 발전을 위한 국토종합계획을 수립하고, 둘째, 국토 신성장거점 등 국책사업 추진 지원, 도시권 육성, 낙후지역 발전 등 국토의 경쟁력 강화 및 지속가능한 발전과 관련한 정책연구를 수행하며, 셋째, 통일시대를 대비한 한반도 발전방안과 동북아의 상생발전을 연구하며, 넷째, 바람직한 국토미래를 창조하기 위한 미래 국토 발전전망과 정책과제를 연구하는 데 초점을 두고 있다.
국토계획연구본부는 우리 국토와 관련한 창의적, 실용적, 미래지향적 정책연구를 수행하기 위해 국토미래연구센터와 한반도·동북아연구센터를 두고 있다.